تقع قبيبة على الطريق العام الممتد على ساحل البحر الأبيض المتوسط إلى الشرق من النبي روبين ( البرص ) ، وفي ظاهر القرية تقع قرية ( زرنوقة ) إلى الشمال الغربي على مسيرة ثلاثة كيلومترات عن القرية ، حيث تبعد القبيبة 25 كيلومتر جنوب شرق مدينة يافا وترتفع عن سطح البحر حوالي 30 متراً ، وتقع جنوبها قرية ( يبنا )