بفتح الفاء والجيم وضم اللام وكلمة الفالوجة ربما هو تحريف لكلمة الفَلُّوجة بفتح أوله وتشديد ثانيه وتعني الأرض الصالحة للزرع.

أما عن سبب تسميتها فيعود للشيخ الصوفي (شهاب الدين أحمد الفالوجي) الذي قَدِمَ إلى فلسطين من بلدة الفَلّوّجَة العراقية أوائل القرن الثامن الهجري، واستقر بدايةً في قرية بيت عَفّا ثم انتقل إلى موقع القرية والذي كان يُعرَف في ذلك الوقت باسم ((زُرّيق الخندق))، ولما توفي دُفِنَ في الجهة الغربية من الموقع ونسبةً إلى إليه تحول اسم القرية بمرور الوقت لتحمل اسم الشيخ الفَلّوجي وتخفيفاً باللفظ بات الاسم يُعرَف (الفَالُوجَة).