احتلال القرية وسقوطها في اليوم الذي تمّ فيه احتلال مدينة الرملة انتشرت بعض العصابات الصهيونية من لواء الكسندروني في أراضي قرية مجدل يابا. وفي 12 تموز 1948 انتزعت هذه الوحدات السيطرة على المنطقة من أيدي القوات العراقية التي كانت ترابط فيها. وكانت وجهة الوحدات الوصول إلى منابع رأس العين حيث أنّ احتلالها يساهم في سيطرة اسرائيل على منابع نهر العوجا (اليركون) الذي كان أحد مزودي القدس بالمياه. وتشير بعض المصادر التاريخية العربية والإسرائيلية على حد سواء إلى أنّ القوات العراقية حاولت استعادة الموقع إلاّ أنّها واجهت هجومًا قويًا من اللواء المذكور، فانسحبت من المنطقة. وكان مصير أهالي قرية مجدل الصادق والقرى المجاورة الترحيل وهدم البيوت وتخريب المزارع منعًا لعودتهم إليها. وأقامت الحكومة الاسرائيلية عددًا من المستعمرات على الأراضي التابعة للمجدل، منها: "عينات"، و"روش هعاين"، غفعات هشلوشا"، نحشونيم". أمّا في موقع القرية ومن حوالي قلعتها انتشرت البيوت التي أشرنا إليها، فلم يبقَ منها إلاّ حطام وحجارة متناثرة. وبعض الآبار البيتية والزراعية المنتشرة فيها.