اسم القرية:  هنالك روايتان للتسمية: 

1-  يعود لكونها مركزا لقوات صلاح الدين الأيوبي ،( حسب الروايات الشعبية) فكانت مركزا لجيشه وسميت بيت الكساء أثناء حربه ضد الصليبيين. ثم جاء الاحتلال الصهيوني في عام 1948 بعد قرار الجمعية العامة للأمم المتحدة تقسيم فلسطين مما أدى إلى تدمير معظم مساكن القرية ومرافقها وتم تهجير معظم سكانها ونزوحهم، حيث لجأ معظمهم إلى الأردن ولكن بعد الاتفاقيات قام معظم السكان بالعودة مرة أخرى عندما أصبحت بيت اكسا تحت حكم المملكة الأردنية الهاشمية.

2- تقول الرواية  إنّ رجلاً صالحاً عاش في القرية في قديم الزمن، قادماً من مدينة الكسوة جنوبدمشق في سوريا، اسمه "كسا"، وفي روايةٍ أخرى كان مشهوراً بحلّ مشاكل الناّس الصحيةّ ومداواتهم بالأعشاب، ومن هنا جاء الاسم "بيت إكسا".

وكأغلب المناطق الفلسطينيةّ تمتد جذور بيت إكسا في التاريخ البعيد، إذ وُجِدَت فيها آثار تعود إلى الفترةالهيلينية، والفترة والرومانية. وفي الفترة الصليبية كانت القرية تعُرف باسم "جينانارة"Jenanara .