منذ عام 2002 عندما شرعت سلطات الاحتلال بإنشاء جدار الفصل العنصري، وحال عزبة الطبيب كحال مدينة قلقيلية وقراها التي بات جدار الفصل العنصري يحيطها من معظم الجهات وبات أشبه بالسجن الكبير الذي تحيط أسواره هذه المدينة وقراها.

وبشكل أكثر تفصيلاً فقد صُدِرَتْ من أراضي عزبة الطبيب منذ عام 2002 وحتى اليوم ما مساحته 500 دونم من أراضيها وقد فصل الجدار العازل هذه المساحة من أراضي القرية عن باقي أجزاءها.

الجدير بالذكر أن الجدار يمر من أراضي عزبة الطبيب الجنوبية إلى الجنوب الغربي.