استناداً إلى المؤرخ الإسرائيلي "بني موريس"، فإن القرية احتُلت وهُجّر سكانها عقب عملية "نحشون" في 20 نيسان/أبريل 1948، في سياق سلسلة من العمليات التي نُفذت في ممر القدس، لكن ثمة مصادر أُخرى تعارض هذا الزعم، ويذكر المؤرخ الفلسطيني عارف العارف أن محاولة للاستيلاء على القرية جرت في 22-23 أيار/مايو، وأن الهجوم أخفق لأسباب، منها أن المهاجمين ظنّوا القرية خالية وفوجئوا بمقاومة سكانها الشديدة، غير المتوقعة.

يذهب عارف العارف إلى أن بيت سوسين احتُلّت بعد أسبوع من ذلك تاريخ، في 28 أو 30 أيار/مايو، خلال إحدى الهجمات التي شُنت لاحتلال اللطرون. ويؤكد (تاريخ حرب الاستقلال) هذه الرواية، ويشير إلى أن وحدات من اللواء شيفع (السابع) احتلت بيت سوسين وجارتها بيت جيز بين 16 و30 أيار/مايو. وقد أعلن الجيش الإسرائيلي الاستيلاء على القريتين في 28 أيار/مايو؛ وذلك استناداً إلى صحيفة (نيويورك تايمز). وذكر البلاغ أن تلك الوحدات اندفعت جنوبي طريق القدس-يافا العام، في مناورة التفاف. وبسقوط القريتين كلتيهما في قبضة الإسرائيليين، أُقيمت طريق إمداد تربط القوات اليهودية الموجودة في القدس بمنطقة الساحل. وبفتح الطريق بين بيت سوسين والقدس، تمكنت القوات الإسرائيلية من تجاوز بلدة اللطرون ونتوء اللطرون الاستراتيجي. ولا يُعرف تحديداً متى دُمرت القرية، لكن معظم القرى التي احتُلت في ممر القدس، خلال تلك الفترة، سُوي بالأرض بعد وقوع الاحتلال.