تعرضت القرية بحكم موقعها المتوسط عدة بلدات وقرى هامة، لمهجموعة من هجمات العصابات الصهيونية خلال حرب 1948، ويذكر المؤرخ وليد الخالدي نقلاً رواات الاحتلال وتاريخ الهاغاناه، أن جزءاً من سكان كوكبا كانوا قد غادروا القرية باتجاه مدينة غزة بحلول الـ 13 من أيار/ مايو، على خلفية معارك في القرى المجاورة خلال عملية "براك".

ولكن بعض أهل القرية بقيوا فيها، وذلك استناداً لروايات مصرية من قبل جنود الجيش المصري الذي كانوا مشاركين في معارك قرب القرية، وثمة رواية مصرية تساند رواية الاحتلال في شأن احتلال كوكبا، إذا جاء فيها أن احتلال القرية كان  أول مرة في 14 حزيران/يونيو  1948، خارقةً بذلك أحكام الهدنة الأولى في الحرب. الى أن كتيبة المشاة الثانية المصرية استعادت كوكبا في 8 تموز/ يوليو ويبدو أن القرية ظلت في أيد عربية حتى نهاية الهدنة الثانية، إلى أن أعلن جيش الاحتلال سقوط كوكبا، بشكل نهائي يوم 19 تشرين الأول/ أكتوبر 1948 مع نهائية الهدنة الثانية، والمرجح أن يكون سكانها شردوا منها على مراحل.