هُناك اختلافٌ حول سبب تسمية شفاعمرو بهذا الاسم: ففي إحدى الروايات أنّ الصّحابيّ عمرو بن العاص رضي الله عنه، في زمن الفتوحات الاسلامية لفلسطين، كان مريضًا وعندما مرّ من المدينةِ شرب من نبع معروف بالبلدة باسم "عين عافية" ، فشُفيّ من مرضِه وتحسنت صحته فصاحَ جُنوده "شُفِيَ عمرو" ومن هُنا جاءت التسمية شفا عمرو.

وفي رواية أخرى يُقال أن ظاهر العمر هو من أطلق عليها تسمية شفاعمر دون الواو وظهرت الواو لأول مرة في كتابات الرحالة عبد الغني النابلسي الذي زارها لأول مرة عام 1692 فسماها شفاعمرو مع الواو. أما عمر فهو الخير والعطاء، والشفا يمكن ردّها للأثل السامي الشيفار وتعني الساحل أو الإسفيلة بمعنى المصايف لقربها من الشاطئ.