وتقول كتب التاريخ  إن قرية "بيت أمر" أقيمت على أنقاض بلدة "معارة" العربية الكنعانية ومعناها موضع مكشوف أو مكان عار من الأشجار، وقد ذكرها الإفرنج في العصور الوسطى باسم "بيت مان"، وورد ذكر "معاره" في كتب العهد القديم على أنها إحدى المدن الستة من الجبل، وذكرت أيضا خلال الحروب الصليبية باسم "بيت امان" وكذلك "الباي تمر" نسبة للأمير يلباني والأمير تمر الدين، الذين نزلا القرية لإتمام مشروع السبيل بين العروب والقدس، أما الاسم الحالي "بيت أمر" فمأخوذ من بيت الأمراء، وهناك رواية يرددها سكان البلدة أن اسم القرية كان "بيت عمر" نسبة إلى الخليفة عمر بن الخطاب الذي نزل القرية أثناء مروره لفتح القدس.

 وكان قد استقر بها إبراهيم محمد علي باشا عام 1831 وأطلق عليها اسمها الحالي.

 وتحوي البلدة الكثير من المواقع الأثرية والمباني القديمة ومقابر منحوتة عموديا بالصخر .

 وأظهرت نتائج المسح الميداني للأبنية القديمة الذي نفذه مركز المعمار الشعبي اللسطيني  (رواق) عام 1999 أن عدد الأبنية القديمة في بيت أمر بلغ 334 مبنى.

 وهي أيضا من أجمل وأرقى بلدات فلسطين إذ تشرف على ساحل البحر الأبيض المتوسط، وتتسم بالتربة الخصبة والمناخ العليل، وتعد من أكثر البلدات الفلسطينية تعليما ولكن بشكل نسبي.