يوجد في قرية وادي فوكين عيادة صحية تابعة للقطاع العام، تعمل يوما واحدا فقط في الأسبوع، وعيادة تابعة للجان العمل الصحي تعمل في نفس مبنى العيادة السابقة، وتعمل أيضا يوما واحدا في الأسبوع، لكن في يوم آخر، ويوجد مركز للأمومة والطفولة حكومي وفي حالة الطوارئ يتوجه المرضى للعلاج في المرافق الصحية الموجودة في مدينة بيت لحم. 

أما المشكلة الصحية الرئيسة في القرية، فهي الحالات الطارئة ليلا، حيث لا يوجد في الليل عيادة أو طبيب.