هناك أكثر من رأي في سبب تسمية القرية بهذا الاسم: 

الرأي الأول: ما جاء في كتاب بلادنا فلسطين لمؤلفه مصطفى مراد الدباغ والذي يقول فيه : إن الجانية من المحتمل أن تكون من كلمة " جينيا " السريانية التي تعني ملاجئ وحمى، وإن الإفرنج قد ذكروها في كتاباتهم باسم " Magina ". وذكر الدباغ في كتابه أن الرحالة البكري الصديقي قد مر بها عام 1122هـ وذكر ذلك بقوله " ودعانا إلى (جانية) الشيخ صالح النوباني."
 الرأي الثاني: أن الجانية محرفة عن كلمة " دجانيا " المأخوذة من " دجان " السريانية والتي تعني " الحنطة " ومنها أخذ اسم " داجون " معبود الفلسطينيين وكان على صورة رأس ويدي إنسان وجسم سمكة، وقد أقام الفلسطينيون القدماء هيكلا لعبادته في مدينة أسدود. 

الرأي الثالث: يعتقد البعض أن القرية كانت مركزا للقرى المحيطة بها زمن الرومان، وأنها كانت تسمى " نرجيشيا " ومن أشهر حكامها " جيني " الذي غلب اسمه عليها فأصبحت " جينية " ثم أصبحت بعد التحريف (جانية) وقد سقطت الجانية في أيدي المسلمين في عهد حاكمها " لويس " الذي جاء بعد جيني.
 الرأي الرابع: ويرى البعض أن اسم القرية كان " دجانية " نسبة إلى رجل صالح كان أول من سكنها، واسمه " أحمد الدجاني " وهو من منطقة يافا ولهذا الشيخ مقام معروف في القرية، وأن الاسم قد طرأ عليه شيء من التحريف حتى أصبح " الجانية ".
 والصحيح أننا نميل لترجيح الرأي الثالث، لوجود الآثار الرومانية في القرية، ولوجود الأعمدة والتيجان، وآثار بنايات مبلطة بالفسيفساء وسجون تحت الأرض مما يرجح هذه الرواية.
 أما الرأي الرابع ففيه ضعف واضح لأن آثار القرية قديمة تعود لآلاف السنين وأن أحمد الدجاني عاش في القرن العاشر الهجري. وترجح الروايات التي تناقلها كبار السن من أهل القرية الرواية الثالثة.