عُثِر في القرية على آثار من العصور البيزنطية، والأموية والمملوكية.

العهد العثماني:

تبعت المغير إلى الدولة العثمانية في عام 1517 مع كل فلسطين، وكانت تتبع ولاية شرق بيروت في الشام. في عام 1596 ظهر لأول مرة اسم المغير في سجلات الضرائب العثمانية وكان يسكنها 25 أسرة، وكانت إدارياً تتبع ناحية جبل عيبال ضمن سنجق نابلس، حيث دفعوا معدل ثابت للضريبة بنسبة 33,3٪ على المنتجات الزراعية المختلفة، مثل القمح، والشعير، والمحاصيل الصيفية، والزيتون، والماعز، وخلايا النحل بما مقداره 4,500 آقجة. تم العثور على آثار تعود للعهد العثماني في القرية.

 في عام 1838 زار الباحث الأمريكي إدوارد روبنسون القرية وذكر أنها «قرية مسلمة ضمن منطقة البيتاوي، جنوب شرق نابلس». وفي عام 1852، وصف القرية بأنها: «قرية كبيرة الحجم، مبنية من حجارة محفورة»، وأشار إلى أن سكان القرية «كانوا مدنيين تمامًا، وأجابوا بسهولة على جميع استفساراتنا.»في أواخر العهد العثماني، في عام 1870، وصل المستكشف الفرنسي فيكتور جويرين إلى المغير، ووصفها بأنها: قرية مهجورة إلى حد كبير من سكانها، بسبب نقص مياه الشرب. ولاحظ أيضًا مسجدًا صغيرًا به عدد من الأحجار التي تبدو قديمة. كان هناك أيضًا العديد من الكهوف المحفورة في الصفر والتي بدت أيضًا قديمة.عام 1882، أجرى صندوق استكشاف فلسطين الغربية مسحاً للقرية ووصفها بأنها «قرية صغيرة من منازل حجرية، على سلسلة من التلال، مع حقول زيتون غربها، وأرض للذرة في المرج وإلى الشمال من القرية أيضًا.» 

الانتداب البريطاني:

في عام 1917، وقعت المغير بيد الجيش البريطاني، ودخلت القرية مع باقي فلسطين مظلة الانتداب البريطاني على فلسطين عام 1920 حتى وقوع النكبة عام 1948.أجرت سلطات الانتداب البريطاني تعدادا عاما للسكان عام 1922، وقد بلغ عدد السكان حوالي 179 نسمة وجميعهم مسلمون، ثم ازداد عددهم حتى وصل إلى 204 نسمة يسكنون في 41 منزلًا وجميعهم مسلمين في تعداد عام 1931.

في إحصائيات عام 1945، بلغ عدد سكان المغير مع سكان خربة جبعيت نحو 290 نسمة جميعهم من المسلمين، وكانت مساحة القرية حوالي 33,903 دونمًا، وفقًا لمسح رسمي للأراضي والسكان. كان من هذه المساحة، 361 دونمًا عبارة عن مزارع وأراضي قابلة للري، و 6,908 دونمًا مخصصة للحبوب، في حين أن 34 دونمًا كانت أرض مبنية. 

الإدارة الأردنية:

في أعقاب حرب 1948، وبعد هدنة 1949، أتبعت المغير للحكم الأردني بين حربي 1948 و1967، وكان عدد سكانها آنذاك حوالي 365 نسمة عام 1961.

النكسة:

وقعت القرية تحت الاحتلال الإسرائيلي بعد حرب 1967.

 السلطة الفلسطينية:

وفقًا لاتفاقية أوسلو الثانية المؤقتة الموقعة بين منظمة التحرير الفلسطينية وإسرائيل في سبتمبر 1995، قسمت أراضي قرية المغير إلى مناطق مصنفة سياسيًا وهي منطقة «ب» ومنطقة «ج».تم تصنيف ما يقرب من 1,934 دونمًا (5.9٪ من إجمالي مساحة القرية) على أنها المنطقة (ب)، حيث للسلطة الوطنية الفلسطينية سيطرة كاملة على الشؤون المدنية، دون الشؤون الأمنية التي تواصل إسرائيل تحمل مسؤوليتها.تم تصنيف مساحة القرية المتبقية التي تشكل ما يقرب من 31,121 دونمًا (94.1٪ من إجمالي مساحة القرية) على أنها المنطقة (ج)، حيث تحتفظ إسرائيل بالسيطرة الكاملة على الشؤون المدنية والأمنية. وتحظر إدارة المباني أو الأراضي الفلسطينية إلا بموافقة وتفويض من الإدارة المدنية الإسرائيلية. وفقًا للقرويين، تمت مصادرة 75٪ من أراضيها لصالح المستوطنات الإسرائيلية والقواعد العسكرية والمحميات الطبيعية.