تتبع قرية عينابوس إدارياً لمدينة نابلس، واستمر الحال كذلك حتى عام 1996، حيث تشكل في القرية مجلس قروي بات يشرف على إدارة شؤونها بالإضافة إلى كونه يتبع إدارياً لمحافظة نابلس التي تقع ضمن نفوذ السلطة الوطنية الفلسطينية منذ العام 1993 استناداً لاتفاق أسلو الموقع آنذاك.

مجلس قرية عينابوس يتكون من 9 أعضاء يتم تعيينهم من قبل السلطة الفلسطينية، للمجلس مقر ئام في القرية ويعمل به ثلاث موظفين.

يشرف المجلس على الأعمال الإدارية التالية:

• صيانة وتركيب شبكة المياه في القرية.
• تحسين وتعبيد الطرقات في القرية.
• تنظيم وسائل المواصلات.
• الاهتمام بنظافة أحياء القرية.
• بالإضافة لبعض الخدمات الاجتماعية الأخرى.