كانت الفخاري تتبع إدارياً لمركز مدينة خان يونس وذلك حتى عام 1997، حيث أصدرت وزارة الحكم المحلي آنذاك قراراً بتأسيس مجلس بلدي خاص بقرية الفخاري ويتبع إدارياً لمركز محافظة خان يونس وفق التقسيم الإداري الجديد الذي اعتمدته السلطة الفلسطينية عقب اتفاق أوسلو.

للمجلس البلدي بناء خاص به يقع قرب شارع صلاح الدين، وهو يشرف على تسيير شؤون الخدمات في البلدة، ويمثلها أمام مركز محافظة خان يونس.

الجدير بالذكر أنه على الرغم من كون سكان البلدة في معظمهم يحمملون بطاقة أنروا، ويستفيد من خدمات وكالة الغوث ما يقدر بـ 95% من سكان البلدة إلا أنه لايوجد في البلدة أي مؤسسة أو بناء للوكالة في القرية، وجميع الخدمات تقدمها البلدية فقط.