يوجد في مدينة بيت حانون عدد من المرافق الصحية تقدم خدماتها للسكان فمنها عيادة تابعة لوكالة الغوث الدولية وخدماتها محدودة لاعتبارها مستوصفاً يعمل ستة أيام اسبوعياً بدوام صباحي فقط. وهناك مركز شهداء بيت حانون الطبي التابع لوزارة الصحة وهو مخصص للرعاية الأولية وعيادة عزبة بيت حانون التابعة لوزارة الصحة، كما ويوجد في المدينة مستشفيان هما مستشفى بيت حانون الذي تم افتتاحه عام 2007. ومستشفي عسكري (بلسم) التابع للخدمات الطبية العسكرية ويقدم خدماته للعاملين في الأجهزة الأمنية الفلسطينية وهناك عيادة بسيطة تتبع لإتحاد لجان العمل الصحي (مركز القدس الطبي) وأخر مركز لرعاية المعاقين تشرف عليه الإغاثة السويدية.