يشكل التعليم سمة أساسية من سمات المدينة، ويلقى اهتماما كبيرا من كافة السكان. حيث يوجد في المدينة العديد من المدارس التي تنقسم من حيث الجهة المشرفة عليها إلى قسمين. 1- مدارس وكالة الغوث الدولية: وتغطى المرحلتين الابتدائية والإعدادية، حيث يوجد في مدينة بيت حانون 8 مدارس تابعة لوكالة الغوث الدولية. 2- مدارس حكومية: حيث يوجد في مدينة بيت حانون 4 مدارس حكومية وتشرف عليها وزارة التربية والتعليم وتوجد بها مدرسة بيت حانون الثانوية الزراعية المشتركة وهي المدرسة الوحيدة في قطاع غزة، وكلية الزراعة تابعة لجامعة الأزهر. 3- رياض الأطفال: يوجد في مدينة بيت حانون 10 روضات موزعة بشكل عشوائي منها رياض أطفال تابعة لجمعيات خيرية ومنها تابعة لقطاع خاص. وتفتقر المدينة للمؤسسات التعليمية الأكاديمية مثل الكليات والمعاهد ومراكز التعليم المستمر. ومن أهم المشاكل التي تعاني منها المدينة في قطاع التعليم هو النقص الحاد في عدد المدارس، ويعاني طلاب المدينة من ازدحام شديد داخل الفصول بسبب العدد الكبير في الفصل الواحد، ونظام الدوام المسائي حيث تفتح المدارس أبوابها لفترتين صباحية ومسائية لتفي بحاجة الطلاب والذين يتجاوز عددهم 11000 طالباً وطالبة في جميع المراحل. اما المعلم الأول في البلدة فكان موسى توفيق عبد الهادي حمد وكان المختار الأول أيضا لهذه البلدة.