هاجم جنود العصابات المذكورة القرية من عدة جهات وفقاً لما تم الاتفاق عليه: ينطلق جنود (ليحي/ شتيرون) من مستعمرة غفعت شاؤول غرباً ويقتحمون دير ياسين من الشمال من منطقة بئر الجوزة، وينطلق جنود (إيتسل/ الأرغون) من مستعمرة بيت هكيرم في فرقتين، إحداهما تقوم بحركة التفافية من الجنوب لتقتحم الاعالي الغربية لدير ياسين، والفرقة الثانية تقطع الوادي الفاصل هبوطاً وصعوداً لتقتحم القرية من منطقة جامع الشيخ ياسين ومدرسة البنات.

اقتحم جنود العصابات الصهيونية دير ياسين، بدؤوا برشق منازل القرية بنيران المدافع الرشاشة الأمر الذي أدى لاستشهاد مجموعة من العائلات التي هدمت منازلهم فوق رؤوسهم، ثم جمعوا بقية أهل القرية في مكان واحد وقتلوهم بدمٍ بارد، وانتهكوا حرمة أجسادهم، واغتصبوا مجموعة نساء وفتيات من القرية ثم قتلوهم.

أضف لذلك مجموعة من المقاتلين الفلسطينيين المدافعين عن قريتهم الذين استشهدوا خلال المعركة، في حين أسروا مجموعة من رجال القرية وأخذوا يتجولون بهم في شوارع القدس وسط هتافات واحتفالات اليهود من سكان المدينة، بعد ذلك أعادوهم لقرية دير ياسين وأطلقوا عليهم النيران.