في 604 قبل الميلاد احتلت الإمبراطورية البابلية برئاسة نبوخذ نصر المدينة من الفلسطينيين، مع احتلال عموم أراضي مملكة يهوذا وبلاد الفلسطينيين. فكان تعامل الجيش البابلي مع سكان المدينة يشابه تعامله بسكان المدينة الأخرى في المنطقة، حيث أحرق المدينة وأجلى سكانها. تم إعادة بناء المدينة في القرن الثالث قبل الميلاد، أي في العهد الهيليني، وأصبحت ميناء كبيرا. في القرن ال-1 قبل الميلاد احتل الملك اليهودي الحشموني إسكندر يناي محيط المدينة ولكن المدينة نفسها بقيت مستقلة من ناحية إدارية وثقافية.

مع انتشار الديانة المسيحية كانت عسقلان وغزة من حصون الوثنية وقاومت الدين الجديد مقاومة عنيفة ولكن أهلها التحقوا بالدين المسيحي لاحقاً وفي القرن الرابع الميلادي باتت عسقلان مركزاً لأسقفية، وبات جميع أهلها يدينون بالدين المسيحي واستمر حالهم هكذا إلى أن جاء الفتح الإسلامي لديارنا الفلسطينية فدخل أهلها بالدين الإسلامي.