خلال فترة حرب عام 1948 كانت قرية زلفة وبعض القرى المجاورة لها من القرى التي تحصنت في أراضيها قوات الجيش العراقي، وبقيت كذلك حتى مطلع آذار من عام 1949، في ذلك الوقت كانت سلطة الاحتلال والحكومة الأردينة قد بدأتا في مسار توقيع اتفاق هدنة دائمة بين الطرفين ما أدى لانسحاب القوات العراقية من المناطق التي تحصنت بها فيها جنين لتحل محلها القوات الأردنية.

وبموجب الاتفاقية الموقعة في 3 نيسان/أبريل 1948 تم ترسيم خط الهدنة الدائمة ةالذي يعرف أيضاً باسم الخط الأخضر، هذا الخط كان قد ضم بعض القرى الفلسطينية التي لم يتم احتلالها خلال الحرب ولم يهجر منها أهلها مثل أم الفحم ومصمص وبرطعة وغيرهم.

وبتاريخ 20 أيار/ مايو 1949 خرجت القوات الأردنية من تلك القرى وسلمتها لجيش الاحتلال ومنذ ذلك التاريخ والقرية تقع تحت الحكم الإسرائيلي.