عندما شرعت سلطات الاحتلال بإنشاء جدار الفصل العنصري عام 2002، لم تكن قرية النبي إلياس ضمن مخطط الجدار، في عام 2003 تم إصدار قرار من قبل سلطات الاحتلال بأن يمر جدار الفصل العنصري في أراضي النبي إلياس بطول 3.4 كم.

وبحسب آخر تعديل لمسار جدار الفصل العنصري في الأراضي المحتلة، تبين أن 2.5 كم من الجدار على أراضي قرية النبي إلياس من جهتي الشمال والجنوب وقد قضم من أراضي القرية ما مساحته 2554 دونم وقد ضمت هذه المنطقة الأراضي الزراعية والمناطق المفتوحة في القرية.