بحكم موقع قرية الفندق الاستراتيجي بقربها من مدينة نابلس وكذلك من مدينة قلقيلية، فقد كان لذلك الأثر الكبير على القرية منذ عام 2002 عندما شرعت سلطات الاحتلال بإنشاء جدار الفصل العنصري، وحال قرية الفندق كحال مدينة قلقيلية وقراها التي بات جدار الفصل العنصري يحيطها من معظم الجهات وبات أشبه بالسجن الكبير الذي تحيط أسواره هذه المدينة وقراها.

وبشكل أكثر تفصيلاً فقد صُدِرَتْ من أراضي قريتي جنصافوط والفندق منذ عام 2002 وحتى اليوم ما مساحته 9009 دونم من أراضيها وقد فصل الجدار العازل هذه المساحة من أراضي القرية عن باقي أجزاءها.

الجدير بالذكر أن الجدار يمر من أراضي قرية الفندق من جهات الشمال الشرقي إلى الشرق والجنوب الشرقي.