بحسب مجلس قروي إماتين فإن سبب تسمية قرية فرعتا يعود بأصله لكلمة فرع المال، وعن هذا الموضوع يتحدث أهل القرية أنه في موقع القرية كان يقيم مجموعة من الأخوة وكان لديهم أموال طائلة فتنازعوا فيم بينهم ما أدى لأنهم هاجروا القرية باستثناء واحد منهم وهو فرعطون ومنه سميت القرية فرعطه ومنه حرف اسم القرية إلى فرعتا.

أما المؤرخ مصطفى الدباغ فإنه يرجع أصل التسمية للكلمة الكنعانية القديمة (فرعتون) والتي تعني أميري.