تتمع قرية فرعتا بموقع جيواستراتيجي هام لعدة أسباب:

• قربها من ثلاث محافظات هامة هي: قلقيلية على مسافة 19 كم، محافظة نابلس على مسافة 9 كم، محافظة طولكرم على مسافة 19 كم.
• ومنذ أن شرعت سلطات الاحتلال ببناء جدار الفصل العنصري منذ عام 2002 قضم هذا الجدار مئات الدونمات من أراضي القرية الشمالية الغربية.
• هذا الموقع الهام والحساس في ذات الوقع يجعل القرية معرضة بشكل دائم لاعتداءات المستوطنين من ناحية ومضايقات جيش الاحتلال من ناحية أخرى.