بحكم موقع قرية بديا الاستراتيجي بقربها من مدينة نابلس وكذلك من مدينة سلفيت، فقد كان لذلك الأثر الكبير على القرية منذ عام 2002 عندما شرعت سلطات الاحتلال بإنشاء جدار الفصل العنصري، وحال قرية بديا كحال معظم القرى المجاورة لها والتي بات جدار الفصل العنصري يحيطها من معظم الجهات وبات أشبه بالسجن الكبير الذي تحيط أسواره هذه القرى والبلدات.

وبشكل أكثر تفصيلاً فقد صُدِرَتْ من أراضي قريتي جنصافوط والفندق منذ عام 2002 وحتى اليوم ما مساحته 1943 دونم من أراضيها وقد فصل الجدار العازل هذه المساحة من أراضي القرية عن باقي أجزاءها.

الجدير بالذكر أن الجدار يمر من أراضي قرية بديا من جهات الشرق مخترقاً أراضي القرية نحو الغرب.