بدأت الهجمات على فجة في وقت مبكر، 20 مايو/أيار 1948 يوم تسللت وحدة من عصابة البلماح إلى القرية بحجة إلقاء القبض على لصوص قتلوا شخصين في بيتح تكفا. أما الهجوم التالي المدون ذكره فقد شنته عصابة الإرغون في ‎17‏ فبراير/شباط 1948 ونزح بعده بعض سكان القرية، بحسب ما جاء في مصادر إسرائيلية.

مع حلول يونيو/حزيران باشر الصندوق القومي اليهودي عملية تدمير قرية فجة، من جملة قرى أخرى. ففي ‎14‏ يونيو/حزيران، قام عزرا دانين، -وهو من كبار ضباط الاستخبارات في عصابة الهاغاناه ومسؤول رسمي في الوكالة اليهودية- بإطلاع يوسف فايتس، زميله المسؤول في الصندوق القومي، على التقدم الذي أحرز بتدمير فجة. وبعد يومين، كتب رئيس الحكومة الإسرائيلية دافيد بن غوريون في يومياته أنه تم تدمير فجة وقريتين أخريين. شغل الموقع أولاً في أوائل الخمسينيات بمخيم انتقالي للمهاجرين الجدد سمي عميشاف، لكنه بات الآن من الضواحي الشرقية لمستعمرة بيتح تكفا.

 احتلال القرية وتشريد أهلها:
 كان الهدف من وراء مجزرة دير ياسين إرهاب السكان الفلسطينيين، وهدم معنوياتهم ودبّ الرعب في قلوبهم، ودفعهم الى الرحيل للنجاة بأرواحهم من الموت المحقق، في ظل عدم وجود إمكانية للحصول على السلاح للدفاع عن البلدة، والغياب الكامل للمقاومة العربية لليهود، والدعم الانجليزي لهم..
 وقد بدأت الهجمات الأولى على فجة في وقت مبكر، بتاريخ 1947/5/21م، بعد مقتل اثنين من اليهود في الكيبوتس المجاور للقرية من جهة الشمال، حيث تسللت وحدة من قوات الهاغاناة اليهودية من مستعمرة بتاح تيكفا المجاورة الى مقهى ابو الراعي في القرية، بعد ان اقتفى اليهود الاثر وتبين لهم ان الذين قتلوا اليهوديين اختبأوا في المقهى، وقاموا باطلاق الرصاص بشكل كثيف على المقهى، فقتلوا اربعة من العمال المصريين، الذي كانوا يجلسون في المقهى، بينما جرحوا سبعة آخرين من سكان القرية، منهم حسن الدماطي. واقتحم خبراء المتفجرات اليهود المقهى تحت غطاء ناري كثيف، وقاموا بوضع مواد متفجرة وأشعلوها، ولم يصب أحد من أهل القرية نتيجة الانفجار، لكن تدمر المبنى بالكامل..
 ووكان المقهى ملك لاحمد الراعي، ويقع على شارع اللد- حيفا، غربي القرية، وهو الشارع الذي يفصل بين أراضي فجة ومستعمرة بتاح تكفا. واحمد الراعي هو والد زوجة المرحوم عبد الرؤوف فياض- ابو سامي- في قلقيلية.
 اما الهجوم التالي فكان في يوم 17/2/1948م، ونزح بعده معظم سكان القرية، ولم يبقى في القرية الا بضع عشرات من سكانها. وفي يوم 1948/5/9م اجتمع ضباط استخبارات الهاغاناه، وقرروا طرد ما تبقى من السكان، ونتيجة الحرب النفسية التي مارسها اليهود، غادرت اخر العائلات القرية بتاريخ 15/5/1948م، ومع حلول شهر حزيران عام 1948م، باشر الصندوق القومي اليهودي عملية تدمير قرية فجة، من جملة قرى أخرى، وتم تدمير القرية وقريتين أخريين بتاريخ 1948/6/16م.