في أواسط شباط / فبراير1948، بينما كان القتال دائراً بين العرب و قوّات الهاغاناه في وادي بيسان، شنّت الهاغاناه هجوماً تضليليّاً على الشّجرة. وورد في صحيفة (فلسطين) أنّه تعد منتصف ليل 17 شباط /فبراير تسللت إحدى وحدات الهاغاناه الى داخل القرية وفجّرت منزلين (وقال بلاغ رسمي بريطاني إنّ المنزلين المستهدفين كانا مهجورين)
   في أيّار / مايو1948 سقطت القرية عقب سقوط طبريّة، وتمهيداً للهجوم على بيسان. وقد جاء الهجوم على القرية في إطار جهود الهاغاناه لإحكام سيطرتها على الجليل الأسفل قبل 15 أيار / مايو. وذكر (تاريخ الهاغاناه) أن وحدات من لواء غولاني (ولا سيما الكتيبة الثانية عشرة، أو كتيبة براك ) أغارت على القرية فجراً، وسيطرت عليها بعد هجوم قوي. وقد سقط جراء الهجوم عدد غير معروف من القتلى في صفوف سكان القرية، وجاء في رواية الهاغاناه أن القرية (احتلت في 6/5 وفر منها سكانها تاركين وراءهم قتلاهم ) أما صحيفة (نيويورك تايمز) فذكرت انّه عثر في القرية على جثث عشرين عربياً عقب هجوم الهاغاناه. وفي هذه الأثناء، قامت وحدة أخرى من الهاغاناه بمحاصرة قرية لوبيا المجاورة، ومن أجل الحؤول دون قدوم أيّة تعزيزات لنجدة سكان الشّجرة. وفي وقت لاحق من ذلك الصباح، في الساعة الثامنة قبل الظهر، شنت القوات العربية المحلية هجوماً مضاداً من جهة قريتي كفر كنا وترعان. وقد دامت المعركة النّهار كلّه، إلا أن القرية ظلّت عند حلول اللّيل في قبضة الهاغاناه بحسب ما جاء في تاريخ الهاغاناه