استناداً إلى تقرير صحافي نشر في صحيفة (فلسطين) فإن وحدة من الميليشيات الصهيونية دخلت القرية في منتصف ليل 27 كانون الثاني/ يناير 1948 وحاولت زرع الألغام في بعض المنازل النائية غير أن حرس القرية انتبهوا لوجود المتسللين فجرى اشتباك دام ساعتين، الأمر الذي أجبر المهاجمين على الانسحاب إلى مستعمرة نيغبا.

ثمة روايات متضاربة في شأن احتلال قرية بيت عفا ويبدو أن القرية تنقلت بين أيدي المتحاربين مرتين على الأقل في أثناء الحرب. ويقول المؤرخ "الإسرائيلي" بيني موريس إنها احتلت في 14-15 تموز/ يوليو 1948، خلال الفترة المعروفة بـ (الأيام العشرة) ما بين هدنتي الحرب. واستناداً إلى موريس فإن وحدات تابعة للواء "غفعاتي" استولت على القرية في أثناء المرحلة الثانية من عملية هجومية، وسع اللواء بعدها رقعة انتشاره إلى الجنوب حتى مشارف النقب وهذا يطابق ما جاء في تقرير لصحيفة (نيورك تايمز) وفحواه أن القرية احتلت في 15 تموز/ يوليو.

غير أن كتاب (تاريخ حرب الاستقلال) يورد أن القرية كانت قد احتلت في 9 تموز/ يوليو أي بينما كانت الهدنة الأولى تشارف على الانتهاء. وكانت تحتلها فصيلة من الكتيبة الثانية في لواء غفعاتي. لكن الجيش المصري استردها في ذلك التاريخ، بعد أن مارس (ضغوطاً استمرت حتى الصباح) وجاء في رواية الهاغاناه أن الكتيبة الرابعة في اللواء المذكور حاولت احتلال القرية من جديد بعد ذلك بأسبوع أي في 17- 18 تموز/ يوليو لكنها أخفقت على الرغم من أنها كانت معززة بإنزال بحري. وتضيف الرواية (أن المصريين كانوا يعلمون تمام العلم أهمية هذه القرية حيوية ولذلك حصنوها تحصيناً جيداً) غير أن الكاتب المصري محمد عبد المنعم يقول إن احتلال العصابات الصهيونية للقرية تم بعد ذلك بيومين أي خلال ليل 10-11 تموز/ يوليو، عندما انتزعت القرية من أيدي المجاهدين الفلسطينيين المؤكل إليهم الدفاع عنها. ويضيف عبد المنعم أن القوات المصرية النظامية استعادت القرية صباح اليوم التالي 11 تموز، ويؤكد ذلك تقرير نشرته صحيفة (نيورك تايمز) وجاء فيه أن بيت عفا سقطت أولاً في يد العصابات الصهيونية في 9 تموز، ومعها قريتي عراق سويدان وعبدس، وأن القوات العربية استعادتها في اليوم التالي، وبُعيد هذه المعركة زعم الصهاينة أنهم قتلوا 300 من الجنود المصريين والسودانيين وأنهم أسروا 200 آخرين.

على الرغم من الفوارق الطفيفة في هذه التواريخ فإن الرواية الأخيرة التي جاء فيها أن الصهاينة احتلوا القرية ثم فقدوها خلال (الأيام العشرة) الفاصلة بين الهدنتين، تبدو أولى بالتصديق. ومن المرجح أن تكون بيت عفا سقطت في يد الصهاينة خلال عملية "يوآف" مابين منتصف شهري تشرين الأول وتشرين الثاني، لكن من المرجح أن يكون سكانها طردوا منها في زمن الاحتلال الأول.