ينقل المؤرخ وليد الخالدي عن المصادر الأرشيفية العبرية أن تاريخ احتلال قرية جسير يعود إلى المراحل الأخيرة من عملية قام لواء غفعاتي بها خلال الأسبوع الثاني من تموز/ يوليو1948. وعند انتهاء الهدنة الأولى في الحرب أصدر قائد لواء "غفعاتي" "شمعون أفيدان" أوامر باختراق الخطوط المصرية (بغية إقامة اتصال بالنقب)، وبطرد المدنيين من المنطقة المحتلة. ولم تنجح قواته في ربط النقيب بالساحل الذي تحتله العصابات الصهيونية غير أنها نجحت في الاستيلاء على رقعة من الأرض على شكل قوس بقع جنوبي الرملة، موازيةً للشاطئ وفي طرد أكثر من 20000 مدني من قراهم وكانت جسير من قرى أقصى الجنوب التي احتلت خلال العملية ومن المرجح أن احتلالها بصورة نهائية لم يتم إلا في 17 - 18 تموز، وقد زعمت العصابات الصهيونية فيما بعد أنه مع بداية العملية واحتلال قرية تل الصافي ضعفت معنويات السكان في المنطقة بأسرها وفر القرويون مع تقدم وحدات لواء غعفاتي.

غير أنه جاء في مصادر أخرى أن القرية سقطت في يد العصابات الصهيونية قبل ذلك التاريخ بشهر خلال الهدنة الأولى في الحرب. وجاء أيضاً في مذكرات الرئيس المصري الراحل جمال عبد الناصر أن: "العدو سعى تحت غطاء الهدنة لاحتلال المواقع المنيعة، حتى إذا انتهت الهدنة كان في إمكان استئناف عملياته من مواقع أكثر ملائمة له"، وفيما يتعلق بالهجوم على عدد من القرى الأخرى لأحكام الهدنة، كتب عبد الناصر يقول: (لم يكن ثمة دليل يوحي بأن قيادتنا العامة كانت تعلم بما يجري حقاً).