يعود تاريخ البقيعة الى العصر الحجري القديم أي قبل 250 الف سنة حتى 45 الف سنة استناداً للحفريات التي أجريت بالقرب من عين البلد سنة 2005 ميلادية، ثم العصر الحجري ثم العصرالكلكوليتي أي العصرالحجري المعدني، وذلك استناداً لما وجد في مغارة الدفن، التي أكتشفت سنة 1995 بالصدفة عند شق شارع .
 وجد بداخل االمغارة أدوات حجرية، أواني فخارية وتوابيت كثيرة مصنوعة من الفخار، تعود الى العصر الحجري المعدني أي الى أكثر من أربعة الاف سنة قبل الميلاد، كما ووجدت في المغارة، ادوات فخارية للبخور وللطقوس الدينية، وأواني فخارية مختلفة منها جرة مزخرفة ، وتماثيل أحدها مصنوع من الفخار وهو عبارة عن رأس انسان مجوف من الداخل ، له أنف وعيون وأسنان.

كما ووجدت هايكل عظمية تخص 650 شخص من الذكور والإناث، وعند تحليل التركيب الجيني الى 22 شخص من المدفونين في هذه المغارة، تبين بأن هؤلاء عاشوا قبل 6500 سنة وكانوا بنسبة 57% من سكان البلاد، ومن بلاد فارس بنسبة 17 % ومن جبال زاغروس 26 %. أجرى البحث جامعة تل أبيب وجامعة هاربرد، ونشرت نتائجه هذه السنة ( 2018).
 كانت هذه المغارة أي مغارة الدفن، في الجهة الغربية للقرية ، لأن غروب الشمس يمثل نهاية النهار والموت يمثل الغروب عن الحياة. عند الحضارات القديمة، شروق الشمس يمثل بداية الحياة وغروبها يمثل نهايتها، ولذلك كانت مدافنهم غرب مكان الحياة اي غرب القرية او المدينة، نجد نفس الشيء عند الفراعنة مدافنهم غرب مُدنهم وقراهم، مثل وادي الملوك يقع غرب مدينة لقصر وهو عبارة عن مدافن ملوك الفراعنة.
 غالبية الموجودات التي كانت في المغارة نُقلت لمتحف اسرائيل في القدس ومعروضة هناك، قسم من الموجودات بقي في المغارة لسبب تماسكه مع الصخور وذلك نتيجة الظواهر الكارستية التي ما زالت مستمرة في المغارة. بعد نهاية التنقيب عن الآثار أقفلت سلطة الآثار فتحة المغارة بالإسمنت، وهذه الفتحة موجودة تحت اسفلت الشارع القريب من المدرسة الثانوية في البقيعة.
 كشفت حفريات أضافية بأن الحياة في البقيعة لم تنقطع، واستمرت للعصر البرونزي ، وتعاقبت هنا شعوب وفترات مختلفة، الكنعانيين ثم الفترة اليونانية والرومانية والبزنطية والاسلامية والصليبية والعثمانية والانتداب البريطاني واسرائيل.