أقرّت الأمم المتحدة قرار تقسيم فلسطين إلى دولة يهودية وأخرى عربيّة في 29.11.1947. رسميًّاـ أعلنت الحركة الصهيونية قبول القرار، بينما أعلن الفلسطينيون والعرب عمومًا رفضه. وفقًا لقرار التقسيم كانت منطقة اللد والرملة، بما فيها بيت نبالا، ضمن الدولة العربية المقترحة. خلال عشرة أيام من المعارك بين الهدنتين عام 1948، انطلقت عمليّة عسكرية إسرائيليّة باسم عملية داني بين 10 تموز حتى 19 تموز. سمّيت كذلك على اسم داني مس، نائب قائد كتيبة في البلماح، كان قد قتل في يناير\كانون ثان في كمين لمقاتلين فلسطينيين قرب بيت نتيف. إلا أن الاسم الأول للعملية العسكرية هذه كان "لرلر" اختصارًا للمناطق الرئيسية المطلوب احتلالها وهي لد، رملة، لطرون، رام الله. وكلها خارج حدود الدولة اليهودية المقترحة في قرار التقسيم. كانت الأهداف الرسمية للعملية هي إبعاد الخطر الكامن في اللد والرملة عن تل أبيب واحتلال اللطرون لفتح الشارع الرئيسي إلى القدس.
   تمّ احتلال بيت نبالا في 13.7.1948 مباشرة بعد سقوط اللد والرملة وتهجير سكانها باتجاه بيت نبالا في ذات اليوم. صدرت الأوامر إلى القوات الإسرائيلية، وفق ما يقول المؤرخ الإسرائيلي بِني موريس، بمهاجمة بيت نبالا التي كانت ترابط في المعسكر المجاور لها كخط دفاع ثانٍ سرية من الجيش العربي (قوامها 120-150 جندياً)، بعد الاستيلاء على اللد والرملة. وذكرت صحيفة نيويورك تايمز أنّ وحدة إسرائيلية اقتحمت مشارف القرية، في 11 تموز/يوليو، من أجل إحباط محاولة عربية لاستعادة مستعمرة ويلهلما المجاورة؛ وهي مستعمرة زراعية أسسها رهبان تمبلر Templersهيكليّون  ألمان. لكن جاء في نبأ عاجل، عقب ذلك، أن القوات العربية استردت القرية في 12 تموز/يوليو، من أجل إقامة مرابض مدفعية لصدّ الهجمات الإسرائيلية على اللد. وجاء في رواية الصحيفة أن مصفحات الجيش العربي دخلت القرية، إلا أنها وصلت متأخرة جداً وكانت عاجزة عن نجدة اللد. وذكرت البرقيات أن الإسرائيليّين استولوا على بيت نبالا في 13 تموز/يوليو، بعد قتال شديد، اصطدمت فيه الدبابات والمصفحات الإسرائيلية بمصفحات الجيش العربي. وفي اليوم التالي، تواردت أنباء تفيد بأن القرية غدت أرضاً محايدة، "لا تمثل أي خطر على اللد والرملة" اللتين أمستا في يد الإسرائيليين. وبعد أيام قليلة قالت صحيفة نيويورك تايمز أن القرية احتُلت قبل توقيع الهدنة الثانية في 18 تموز/يوليو. 
ويزعم موريس أن سكان بيت نبالا أُخرجوا من القرية بأمر من الجيش العربي، قبل شهرين تقريباً من تاريخ احتلالها، أي في 13 أيار/مايو. لكن هذا مما لا يمكن التثبت منه. فشهادات لاجئي بيت نبالا تؤكد نزوحهم عن القرية نتيجة الخوف وعند سماع إطلاق نار وقذائف على مشارف القرية، ورؤية اللاجئين المذعورين من البلدان المجاورة مارّين من قريتهم. وقد تبقى في القرية بعض الرجال والنساء من كبار السنّ والمرضى، وانقطعت أخبارهم عن ذويهم ولم يعرف مصيرهم.

 أما منازل بيت نبالا فقد هدمت بعد أن تقدم رئيس الحكومة الإسرائيلية دافيد بن غوريون في 13 أيلول/سبتمبر 1948، من اللجنة الوزارية الإسرائيلية الخاصة بالأملاك المهجورة، بطلب الإذن في تدميرها. وقد ذكر ذلك بيني موريس في كتابه "ولادة مشكلة اللاجئين الفلسطينيين 1947-1949" حيث طلب بن غوريون من اللجنة الوزارية، باسم القائد العسكري للمنطقة الوسطى، ما يلي: "بسبب نقص في القوى البشرية للتحكم في الحيّز والتحصّن في العمق