مناخها معتدل بوجه عام، ويميل إلى البرودة شتاء. وتراوح متوسطات درجات الحرارة ما بين 10 مئوية و 25 مئوية صيفاً. وتقع بيت ساحور في ظل المطر إذ تحجب مرتفعات بيت لحم والأمطار عنها. ويبلغ متوسط كمية الأمطار السنوية التي تهطل على البلدة نحو 375.6 مم في حين يصل المتوسط في بيت لحم إلى 424.4 مم، وفي بيت جالا إلى 515.1 مم. وتتغير كمية الأمطار من سنة إلى أخرى مما يترك آثاراً سيئة على المحاصيل الزراعية في بعض السنوات.