يوجد في قرية نحالين مركز صحي حكومي، 3 عيادات طب عام خاصة، خمس عيادات طب أسنان خاصة، وصيدليتان. وفي حالة الطوارئ يتوجه المرضى للعلاج في المرافق الصحية الموجودة في مدينة بيت لحم، ومنها: مستشفى الحسين الذي يبعد حوالي 12 كم عن القرية، الجمعية العربية في بيت جالا والتي تبعد حوالي 10 كم، ومستشفى اليمامة الذي يبعد حوالي 9 كم عن القرية. ومن المشاكل التي يواجهها القطاع الصحي في القرية، ما يلي: 

1 .عدم توفر سيارة إسعاف في القرية. 

2 .عدم توفر الكثير من الأدوية الضرورية في المركز الصحي. 

3 .عدم وجود أطباء مختصين في المركز، وقلة التجهيزات الطبية فيه.