سميت قرية الناقورة بهذا الاسم نسبة إلى خربة كانت قريبة من موقع القرية من الجهة الجنوبية تدعى " بالناقولة"، كان يسكنها أهل القرية، ثم انتقلوا إلى مكان التجمع الحالي ، ومن ثم حرفت إلى الناقورة . ويعود تاريخ إنشاء التجمع الحالي إلى أكثر من 4000 عام. ويعود أصل سكان قرية الناقورة إلى اليمن والجزيرة العربية