ووجدت في الخان الأحمر آثار دير فيه كنيسة، بناه القديس أوثيميوس عام 428 للميلاد ليكون مركزا للرهبان الذين يتعبدون في المغاور القريبة، وربما بني تكريما له.

 وفي عام 614 للميلاد احتل الفرس فلسطين وقاموا بهدم الكنيسة، فلما جاء المسلمون سمحوا بترميم تلك الكنيسة التي بقيت عامرة في العهد الصليبي، ثم خربت بعد ذلك، وبني على آثارها خان يخدم التجار المارين بين القدس وأريحا. كان هذا الخان مسورا ومكونا من طابقين، وفيه بركة مياه، وسمي باسم الخان الأحمر لأنه مبني من حجارة حمراء اللون، وهو مملوكي الطراز.