في القرن الخامس، تم بناء كنيسة تُعرف اليوم باسم كنيسة القديس جورج في شرق المدينة. في القرن الثاني عشر، تم بناء كنيسة أخرى من قبل الصليبيين الملحقين بالكنيسة الأولى

قام الصليبيون بتحصين طيبة عن طريق قلعة سميت باللغة الإنجليزية بقلعة سانت إلياس. في شهر فبراير من عام 1182، أعطى جوسيلين الثالث القلعة للملك بالدوين الرابع ملك القدس مع بعض الممتلكات الأخرى في مقابل السيادة على معليا  في عام 1185، منح ملك بالدوين الخامس ملك القدس القلعة لجده ويليام الخامس، مركيز مونتفرات. 

ومع ذلك، في عام 1187 سقطت الطيبة أمام صلاح الدين في أعقاب معركة حطين  وصفها عماد الدين الأصفهاني بأنها قلعة صليبية استولى عليها صلاح الدين الأيوبي، بينما وصفها ياقوت الحموي، تحت اسم عفرة، بأنها «قلعة في محافظة فلسطين، بالقرب من القدس»

في عام 1596، ظهرت قرية تُدعى طيبات العاصم في سجلات الضرائب العثمانية في ناحيه القدس في لواء القدس. كان عدد سكانها 63 أسرة مسلمة و 23 أسرة مسيحية. دفعت القرية ضرائب على القمح والشعير والكروم أو أشجار الفاكهة والماعز وخلايا النحل. بمجموع 22100 آقجة. كل العائدات ذهبت إلى الوقف. 

حوالي 1810-1820 خاضت معركة كبيرة في القرية بين الفصائل المتنافسة من «القيس» و «اليماني». في نهاية المطاف، نجح «اليماني»، بقيادة شيخ أبو غوش، في استعادة طيبة من فصيل قيس. عندما زار إدوارد روبنسون في عام 1838، وجد أنه يحتوي على 75 شخصًا خاضعًا للضريبة، مما يشير إلى أن عدد سكانها يتراوح بين 300 و 400 شخص وقد لوحظ أنها قرية مسيحية يونانية في منطقة بني سليم، شرقي القدس. 

زار المستكشف الفرنسي فيكتور جويرين القرية في عام 1863، ووصف طيبة بأنها تضم ما يقرب من 800 قروي، و 60 كاثوليك، والباقي الأرثوذكس اليوناني وأشار كذلك إلى أن البقايا عبارة عن مبنى كبير على قمة تل. أظهرت قائمة قرية عثمانية من حوالي 1870 الطيبة لتكون مدينة مسيحية مع 87 منزلا ويبلغ عدد سكانها 283، على الرغم من أن عدد السكان شمل الرجال فقط. 

في عام 1882، وصف مسح فلسطين الاستكشاف الذي أجراه صندوق استكشاف فلسطين غرب مدينة الطيبة بأنه «قرية مسيحية كبيرة في موقع بارز، به منازل حجرية مبنية بشكل جيد. يوجد برج مركزي على قمة التل؛ على جانبي حدائق الزيتون والتين في الأرض المنخفضة، المنظر واسع النطاق على كلا الجانبين، توجد كنيسة سان جورج المهدمة بالقرب من القرية، وهناك بقايا قلعة مدمرة في القرية، والسكان مسيحيون يونانيون».

قام شارل دي فوكول (1853–1916)، وهو مستكشف وراهب فرنسي، بالمرور عبر طيبة في يناير 1889 وعاد في عام 1898. واستلهم من زيارته، كتب «ثمانية أيام في أفرام، تراجع عام 1898

الأماكن التاريخية في الطيبة : -
بما أن المسيحيين تواجدوا في الطيبة منذ نشأة الديانة المسيحية فان اقدم ما فيها هي الكنائس .
 على أنقاض كنيسة الروم الأرثوذكس الحالية كانت قائمة كنيسة أتربة قديمة يرمي تاريخها إلى عصور المسيحيين الأوائل ، كما أن كنيسة الخضر الأتربة الموجودة حاليا قديمة هي الأخرى ، فجرن المعمودية الموجود في كنيسة الخضر يرمي إلى القرن السادس الميلادي كما إن مقبرتها هي الأخرى مقبرة أتربة إذ لا يوجد في الطيبة أية مقبرة أخرى ، ففي جنباتها يرقد آباؤنا وأجدادنا منذ آلاف السنين ويصح فيها قول أبى العلاء :
 رب لحد قد صار لحدا مرارا ضاحك من تزاحم الأضداد
 كما يوجد في مقبرة الطيبة مغارة تسمى مغارة مار إلياس ، والأرض التي تقع إلى شرق المقبرة يسمى مار إلياس مما يدل على أن مار إلياس قد زار الطيبة هو الآخر وإلا لما كانت هذه التسمية : مغارة مارس إلياس والأرض المجاورة لها .
أما كنيسة اللاتين فبنيت في النصف الثاني من القرن التاسع عشر وهي الكنيسة التي هدمت لتبنى بجانبها كنيسة اللاتين الحالية (1861 - 1871) ومن أماكنها الأثرية البوبرية ( التي أزيلت من الوجود اليوم ) وكان يجب الاحتفاظ بها إذ أن موقعها تاريخي واستراتيجي إذ أنها تقع في أعلى نقطة في الطيبة ، وما بنيت هي والبرج الذي بجانبها إلا لتكون موضعا لحراسة الجنود الصليبين في تحركاتهم إذ أنها بنيت في القرن الثاني عشر الميلادي البوبرية لمراقبة الطرق والبرج لإيواء الجنود والخيول والمؤن .
 جاء في موسوعة بلادنا فلسطين ، الجزء الثامن ، القسم الثاني " في ديار بيت المقدس " لمؤلفه مصطفى مراد الدباغ عن مواقع الطيبة الأتربة ما يلي :
 يحتوي موقع الخضر على بقايا كنيسة لها ساحة وسلم ، صهريج منقور في الصخر ، مدفن ،فسيفساء الوقائع الفلسطينية صفحة 1596 و 1614 ، كما تقع قرية زعيتر في الشمال الغربي من القرية مرتفعة 907 أمتار ، أما خربة المزارع تقع في الغرب من الطيبة مرتفعة 901 من الأمتار عن سطح البحر وتحتوي على أنقاض جدران دور صهريج كبير منقور في الصخر ، بئر في الجنوب الشرقي ، الوقائع الفلسطينية صفحة 1588 .
 ومن آثار الطيبة التاريخية موقع تشيليا الأثرى ومن اسمها يستدل ، إن هذه التسمية رومانية ، ربما كانت أحد الأماكن الدينية ، كدير كان يسكنها النساك في القديم . وقد أقيم على تلك البقعة الان مستعمرة صهيونية أسموها
" ريمونيم " ولو وجد الصهاينة أي اثر يهودي لحولوا تلك المنطقة إلى معابد إسرائيلية .