هوجمت أبو شوشة أو مرة في الأشهر الأولى من الحرب بعد أن قُتل حارس من مستعمرة مجاورة كان يجتاز حقول أبو شوشة، وبعد منتصف ليل الأول من نيسان/أبريل 1948، قامت فصيلتان من الكتيبة الثانية في لواء "غفعاتي"، تصاحبهما قوات أخرى، بالتسلل إلى القرية وفجروا منزلاً وبئراً. وفي هذه الأثناء وصلت إلى أبو شوشة، من قرية القباب المتاخمة، تعزيزات من المجاهدين لمؤازرة المدافعين عنها، فاشتبكت مع وحدة هاغاناه كانت توفر الغطاء للمهاجمين. وقد جُرح أحد المهاجمين اليهود جرحاً قاتلاً.

بعد ذلك هاجم لواء "غفعاتي" قرية أبو شوشة واحتلوها بشكل نهائي في سياق عملية "براك" وذلك يوم 14 أيار/مايو 1948، ويذكر أحد المؤرخين الصهاينة أن الوحدات المهاجمة قصفت أبو شوشة بمدافع الهاون في الليلة التي سبقت سقوطها، أي في 13 أيار/مايو، وكانت عملية نسف القرية منسّقة أيضاً مع الهجوم المتقدم نحو الشرق، خلف هذه القصف للقرية مجزرة وحشية نتج عنها 47 شهيداً من أبناء قرية أبو شوشة وبعضهم من قرية صيدون، بالإضافة لـ 10 جرحى.