سبب تسمية القرية  بهذا الاسم: 

الرواية الاولى تقول ان شخص يدعى رأفت نزل من صوبا ليبحث عن مكان ليستقر فيه سكان صوبا، ووجد عيني الماء في القرية، لذلك سميت القرية بأسمه، ومع الوقت تحولت من عين رأفت الى عين رافا.

الرواية الثانية تقول ان اسم احد العيون هو رافا. ولذلك تدعى بعين رافا.