تقع قرية ميسر ضمن أراضي قفين والتي تنتمي لمحافظه طولكرم، وعلى امتداد القسم الشمالي الغربي لأراضي قفين، وغرب عقابا(طوباس) من الجهة الغربية لحدود 1967أو ما يعرف بالخط ألأخضر ومعاهده رودوس (والتي خسرت بموجبها أغلب أراضيها) حيث يفصل القرية اليوم عن الامتداد الجغرافي لها مع قفين تجمع يهودي يسمى ب"كيبوتس ميتسر" والذي انشأ سنة 1953، وهنالك تجمع يهودي يعرف باسم "شاعر منشيه" التي أقيمت سنة 1948، والتي تقع في الجهة الغربية للقرية وعلى امتداد أراضيها المصادرة من الجهة الغربية ، ويفصلها ال"كيبوتس" أيضا عن امتدادها الجنوبي مع باقه الغربية وهنالك مستوطنة "حريش"، والتي شرع بإقامتها بأواخر الثمانينات وأوائل التسعينات، وهي إحدى المدن التي أطلق عليها "ارييل شارون" " السبعة نجوم"، أو السبعة مدن" والتي نادى بإقامتها في المثلث بين القرى العربية لقطع التواصل الجغرافي وهذا ما حصل فعلا مع ميسر فقد قطع الامتداد الجغرافي الشمالي للقرية مع قرية أم القطف، وفي السنوات الاخيرة ظهر مشروع "عابر "إسرائيل" أو ما يسمى بشارع 6" فقد حدت القرية تماما من غربها وذلك بعد أن تم الاستيلاء على الغالبية العظمى من أراضيها، والتي تعود ملكيتها بالأصل لسكان القرية وسكان بلدة قفين.

وسكنها الرومان من قبل وحفروا فيها بئر للماء وما يزال هذا البئر مصدر المياه الرئيسي للقرية، ويعود تاريخ المكتشفات الأثرية إلى عدة حقبات زمنية ابتدأ من الفترة الرومانية وحتى الفترات ألإسلامية وتم العثور على أكثر من 40 بئر خلال الأستكشافات الأثرية، ذلك بالإضافة إلى الطرق الرئيسية الهامة التي مرت بالقرب من قرية ميسر في العصور القديمة: مثل الطريق المارة من مدينة قيسارية إلى مجدو ومنها شرقا، وطريق البحر المارة من يما الأثرية (المعروفة باسم "ياحم") منها إلى جت، وعرونه، ومجدو وحتى سوريا. يعتاش أهلها على العمل خارجها وذلك بعد أن تركوا الزراعة والفلاحة، التي كانت مصدر عيشهم الرئيسي مع تربية المواشي.