تأسس المخيم بعد حرب عام 1967، واحتلال قطاع غزة وسيناء، حيث دمرت سلطات الاحتلال بعض المنازل في مخيم رفح بهدف توسعة الطرق لدواعي أمنية كما ادعت آنذاك، فقامت الأنروا بتأسيس هذا المخيم لإقامة حوالي 5000 لاجئ دمرت منازلهم، وعرفت هذه المنطقة باسم مخيم كندا تيمناً بالفرقة الكندية من القوات التابعة للأمم المتحدة التي تمركزت بالمنطقة بعد عام 1956م.

ومع إعادة ترسيم الحدود عام 1982م، بات حوالي 5000 شخصاً من سكان المخيم تقع منازلهم ضمن الأراضي التي ضمت إلى مصر ( أراضي رفح المصرية)، وعلى الرغم من وجودهم خارج مناطق عمليات الأونروا، إلا أنها ظلت تقدم خدماتها للاجئي مخيم كندا في الشق المصري من أراضي رفح، وبموجب اتفاقية أخرى بين مصر وحكومة الاحتلال، تم إعادة هؤلاء الفلسطينيين إلى قطاع غزة.

ومنذ 1994 تقوم الأونروا بإدارة الأموال التي تتبرع بها الوكالة الكندية للتنمية الدولية للإنفاق على تسكينهم بالمخيم، لتأسس بعد ذلك مخيم تل السلطان لإقامة لاجئي مخيم كندا فيه منذ عام 2000.