هاجم جنود الكتيبة الثالثة للهاغاناه قرية الطنطورة من الجهات الأربع، وفتحوا النيران على القرية، استشهد خلال تلك الأثناء مجموعة من أبناء القرية المدافعين عنها، وبعد أن نفذت ذخيرتهم، اقتحم القرية وطلبوا من أهل الطنطورة التجمع على شاطئ القرية، بعد ذلك فصلوا الرجال عن النساء والأطفال، فاقتادوا النساء والأطفال وبعض المسنين إلى قرية الفريديس المجاورة، أما الفتيان والرجال الذين تتراوح أعمارهم بين 10 و50 عاماً وطلبوا منهم الجلوس على شاطئ القرية ساعات طويلة (منذ الفجر وحتى ظهر ذلك اليوم)، بعد ذلك جاء ضابط إسرائيلي يدعى "شمشون ماشفيتس" إلى القرية، وبدأ بانتقاء مجموعات من رجال الطنطورة، اقتادوا قسم منهم إلى سجن في قرية إجليل واحجزوهم لمدة ثمانية أشهر بعد هذه المجزرة، أما القسم الآخر فقد اختير بعضاً منهم لحفر حفرة كبيرة في حين أطلق الصهاينة النيران على من تبقى من رجال القرية، بعد ذلك طلبوا من الرجال الذين حفروا اللحفرة أن يدفنوا شهداء القرية الذين كانت جثثهم تملئ شوارع القرية، وبعد أن انتهوا من دفنهم، أطلق الصهاينة النيران على هؤلاء الرجال ليسقطوا شهداء فوق جثث من سبقهم من شهداء القرية.