يغلب على مناخ زبوبا المناخ المتوسطي المعتدل والبارد شتاءً والحار والجاف صيفاً، وتبلغ متوسط درجة الحرارة(20) وأعلى معدل لها في شهر آب حيث تصل إلى 30 مْ بينما يكون أقل معدل لدرجة الحرارة في شهر كانون الثاني تنخفض الحرارة وتصل (10) ويكون الجو بارد جداً.

وتتراوح كمية الأمطار التي تسقط في فصل الشتاء ما بين 350م-500ملم إلا ان سقوط الأمطار في هذه الأعوام يتدني وينذر بالجفاف والخطر على مصادر المياه والزراعة.