ينسب البعض هذه التسمية إلى طير الحجل المعروف بالعامية (شنّار) لكثرة وجود هذه الطيور فيه. وآخرون ينسبون دير حجلة إلى السيدة مريم العذراء التي عمدت إلى أسلوب (الحجل) في المشي في طريقها من القدس إلى مصر لتخفيف عناء السير لطول المسافة.

وعين المياه الواقعة قريبة من الدير تعرف أيضاً باسم عين الحجلة.