خلال حرب 1948 كانت مدينة جنين من المدن الصامدة أمام الهجمات الصهيونية، وقد تحصنت في جنين وقراها قوات كبيرة من جيش الإنقاذ العربي، وعندما وضعت الحرب أوزارها كان الصهاينة قد احتلوا من قضاء جنين 6 قرى فقط.

وعندما تم توقيع اتفاقية الهدنة بين حكومة الاحتلال والمملكة الأردنية جرى الاتفاق على ترسيم خط الهدنة والمعروف باسم الخط الأخضر والذي بموجبه تمكنت سلطات الاحتلال من احتلال 10 قرى أخرى من قضاء جنين (انظر قرى جنين المحتلة عام 1949)، فيما تسلمت الحكومة الأردنية إدارة مدينة جنين وقراها كما باقي مدن وقرى الضفة الغربية.

استمرت الحكومة الأردنية بإدارة شؤون مدينة جنين وقراها إلى أن وقعت حرب الخامس من حزيران 1967 والتي احتلت خلالها مدن وقرى الضفة الغربية، ووقعت مدينة جنين كمان باقي المدن تحت الحكم العسكري الإسرائيلي المباشر وما يتبع ذلك من ظلم وويلات الاحتلال، إدارياً بقيت مدينة جنين مركزاً لقضاء يحمل اسمها ويتبع لها مجموعة كبيرة من القرى والبلدات.