قام لواء غفعاتي التابع للجيش الإسرائيلي، تنسيقاً مع عملية يوآف التي شنت في تشرين الأول/أكتوبر 1948 لاحتلال القطاع الساحلي الجنوبي، بسلسلة عمليات متوغلاً شمالاً لاحتلال بعض القرى في قضاء الخليل. وكانت عجّور واحدة من القرى التي احتلتها الكتيبة الرابعة من ذلك اللواء، في 23 تشرين الأول/أكتوبر، بحسب ما يذكر "تاريخ حرب الاستقلال". ويشير التقرير إلى أنه باحتلال هذه القرية تم توحيد العمليات على الجبهتين الجنوبية والوسطى. ويذكر المؤرخ الإسرائيلي بِني موريس أن السكان نزحوا في معظمهم قبل الاحتلال، وأن من تخلّف منهم طُرد. ويشير موريس أيضاً إلى أن هجوماً عسكرياً آخر كان شُن على عجور في 23-24 تموز/يوليو 1948، وكان السبب الأول لنزوح السكان.