خلال حرب 1948 دارت عدة معارك ومواجهات بين أهالي القرية والعصابات الصهيونية، الذين أغاروا على القرية، ولم يكن الأهالي يملكون غير بضع بنادق، ورغم ذلك كانت هناك مقاومة باسلة، مما اضطر رجال العصابات الصهيونية إلى التراجع، وقام أهالي القرية بمساعدة اخوانهم قرية المحرقة في صد هجوم مماثل.

وقد نقل المؤرخ الفلسطيني وليد الخالدي عن المؤرخ "الإسرائيلي" بيني موريس أن وحدات من لواء "هنيغف" هاجمت القرية ليل 27- 28 أيار/ مايو 1948، وقد جاء في نبأ لصحيفة (نيورك تايمز) نشرته في عددها الصادر بتاريخ 30 أيار/ مايو أن كوفخة وقرية المحرقة المجاورة سقطتا، وقد طرد سكان كوفخة من قريتهم على الرغم من أنهم (عرضو الاستسلام مراراً -قبل ذلك - والقبول بحكم العصابات الصهيونية في مقابل السماح لهم بالبقاء فيها، لكن دون جدوى)، أما طلبهم البقاء في القرية فقد رفضته سلطات الاحتلال بحجة أن مثل هذه الطلبات هو دوماً (إما غير صادق، وإما لا يمكن الركون إليه).