تعرضت القرية للهجوم، أول مرة، في الأسابيع الأولى من الحرب، يوم طوقتها قوة يهودية مسلّحة في 17 كانون الثاني/ يناير 1948. وقد أفادت صحيفة 'نيويورك تايمز' أن هذا الهجوم وقع في أثناء معركة دارت حول كتلة مستعمرات كفار عتسيون اليهودية جنوبي بيت لحم. وقد استمرت 'الحملة التأديبية' الصهيونية هذه على ثلاث قرى تقع في الجوار ( زكريا وبيت نتيف ودير آبان) أربعاً وعشرين ساعة على الأقل. ونسبت صحيفة 'نيويورك تايمز' إلى 'مصادر عربية' أنها قدرت القوة الصهيونية بمئة رجل على الأقل. وبعد شهرين، أي في 20 آذار/ مارس، أُفيد عن تبادل نيران بين القرية ومستعمرة هرطوف اليهودية، دام طوال النهار. لكن لم يُكشف عن عدد الإصابات .

كانت دير آبان أول قرية احتُلَّت في سياق  عملية ههار ، في نهاية الهدنة الثانية. وتفيد تقارير الهاغاناه أنه تم الاستيلاء على التل المشرف على دير آبان 'بسهولة نسبيّة' في إثر مباغتة القوات المصرية التي صارت عرضة لنيران المدفعية والقصف 'المركّز' لمدافع الهاون. في الليلة التالية، ليلة 19- 20 تشرين الأول/ أكتوبر، احتُلَّت القرية وهُجِّر سكانها، في أرجح الظن، شرقاً نحو بيت لحم، أو نحو تلال الخليل .