مع اشتداد الصدمات بعد صدور قرار التقسيم عام 1947 م، اهتم رجال الوكالة اليهودية والهاجاناه بأن يكون لهم مصدر معلوماتي داخلي يزودهم بالمعلومات عن تحركات الطرف العربي على طول جبهة وادي عارة ، وفي 8 أيار 1948 م، قامت الهاجاناه بشن هجوم على القرية من جهة «المقايل» غربًا و«العرق» جنوبًا ، وقد كان المدافعون من أهل القرية فقط. وكانت بحوزتهم قرابة الخمسون بندقية المختلفة الطّراز ، قاوم أهل القرية أكثر من ساعة ولكن القوات المهاجمة استطاعت دخولها والسيطرة على بعض النقاط الإستراتيجيّة فيها ، عندها بدأ الأهالي بمغادرتها ، حيث كانت أول حارة غادر أهلها حارة الزحالقة الّتي تعرّضت للهجوم الأوّل ، حيث تم إخلاء النّساء والأطفال والعزل من السّلاح وبعدها تم إخلاء القرية تمامًا إلا من المقاتلين ،  ثم بدأت الفزعات بالوصول من القرى المجاورة. وقد كان معهم ثلاثة من جنود جيش الإنقاذ الّذين أحضروا معهم مدفعًا رشاشًا من طراز برن ، جاءت الفزعات من القرى: عارة ، عرعرة ، برطعة ، يعبد وأم الفحم بعد ساعتين من بدء العمليّة ، وقد فاجأت الفزعات اليهود فانسحبوا بعدما نسفوا ثلاثة بيوت. بعد ذلك بيوم رجع السكّان إلى القرية ، وأخذوا أغراضهم وتشتتوا ، كان عدد القتلى 11 قتيل وثلاثة جرحى ، وفي 10 أيار 1948 م بدأ لجوء سكّان كفر قرع إلى القرى المجاورة : عارة ، عرعرة ، برطعة ، طورة ، يعبد وأماكن أخرى ، واستمرت حتّى 12 نيسان 1949 م حيث دام تهجيرهم 11 شهرًا ، وقد عادوا قبل تسليم القرية للاحتلال بمقتضى إتفاقية رودس بين الأردن والاحتلال  الّذي جرى في 19 أيار 1949م.