يعود تاريخ قرية كفر قرع الحالية لحوالي 300 عام، كقرية صغيرة، اعتاش أهلها على الزّراعة. هناك رواية تعود إلى القرن السّابع عشر بأن كفر قرع كانت خربة صغيرة تقع في منطقة قلقيلية بجوار خربة كفر ثلث وبعد نزاع بين الخربتين انتقل أهالي كفر قرع للعيش في موقع القرية الحالي. كانت كفر قرع محط اهتمام كبير من رجال المستوطنات الصهيونيّة المجاورة، ونشطاء المؤسسات التابعة للوكالة اليهودية في المنطقة ، بسبب كونها القرية الثانية كبرًا بعد صبارين في منطقة الروحة من حيث عدد السكان. وبحكم امتلاك شركة «بيكا» الصهيونية لقسم من أراضيها ومجاورتها لمستوطنات صهيونيّة كـ«جفعات عادة» و«كفار جليكسون» ، وأيضًا بحكم العلاقات الجيدة الّتي ربطت بعض سكّان كفر قرع بالمستوطنات الصهيونيّة والأشخاص العاملين فيها.