احتلت جمزو في إطار عملية "داني" إذ تعرضت القرية للهجوم من قبل العصابات الصهيونية بعد هدنة الأيام العشر في شهر تموز 1948. إذ كانت وجهة العصابات احتلال اللد والرملة ومحيطهما. وأرادت القيادة العسكرية اليهودية تغيير الحدود بواسطة توسيع الرقعة التي تمّ منحها للدولة اليهودية وفقًا لقرار التقسيم. فقام لواءان من البالماح وعددهم تجاوز الخمسة آلاف عنصر بإحاطة القرية من الجنوب والشمال وفتح الطريق بالترحيل باتجاه الشرق. فما أنْ أتّموا احتلال قرية عنابة المجاورة حتى وصلت أخبارها إلى الأهالي فأسرعوا إلى الهرب خارج القرية، إلاّ أنّ العصابات الصهيونية لاحقتهم وأطلقت عليهم النار منعـًا لعودتهم إلى القرية. ولقد استشهد عدد من أبناء القرية أثناء الهجوم والهروب منها.

كتب المؤرخ ا. جوني منصور حول احتلالها:

الاحتلال والسقوط

وفور صدور قرار التقسيم رقم 181 انطلقت العصابات العسكرية اليهودية بتنفيذ سلسلة من الهجمات على قرى ومدن فلسطين. أمّا جمزو فقد تعرضت الى هجوم من هذه العصابات بعد هدنة الأيام العشر في شهر تموز 1948. إذ كانت وجهة العصابات احتلال اللد والرملة ومحيطهما. وأرادت القيادة العسكرية اليهودية تغيير الحدود بواسطة توسيع الرقعة التي تمّ منحها للدولة اليهودية وفقًا لقرار التقسيم. فقام لواءان من البالماح وعددهم تجاوز الخمسة آلاف عنصر بإحاطة القرية من الجنوب والشمال وفتح الطريق بالترحيل باتجاه الشرق. فما أنْ أتّموا احتلال قرية عنابة المجاورة حتى وصلت أخبارها إلى الأهالي فأسرعوا إلى الهرب خارج القرية. إلاّ أنّ العصابات لاحقتهم وأطلقت عليه النار منعـًا لعودتهم إلى القرية. ولقد استشهد عدد من أبناء القرية أثناء الهجوم والهروب منها.

وبعد أنْ سيطر اليهود على القرية أقاموا لهم مقرًّا عسكريًا فيها وسيطروا على تلّتها الاستراتيجية التي تتحكّم بالطرق المؤدية من وإلى اللد والرملة. وبهذه الطريقة، أي بعد احتلال جمزو وعدد من القرى الاخرى القريبة والسيطرة على الطرق الرئيسة انفردت العصابات باحتلال اللد والرملة وتشريد سكانها. وارتكب اليهود ابشع اشكال المذابح في اللد يشهد لها التاريخ بوحشيتها.

في حين أنّ الجيش العربي الأردني كان قد أرسل إلى تلك المناطق دورية تابعة للوائه الثالث  في الحادي عشر من تموز 1948 فطردت القوة الإسرائيلية المعتدية. فتجهز الأهالي في القرى المجاورة الذين تركوا قراهم، بهدف العودة إلى جمزو إلاّ أنّ الدورية الاردنية انسحبت من القرية وعاد اليهود إلى احتلالها من جديد. وتُشير بعض الوثائق إلى أنّ القائد البريطاني المسؤول مباشرة عن الجيش الاردني بعث برسالة أمر فيها القوات العربية الاردنية بالانسحاب من المنطقة عن طريق جمزو وعنابة وبيت سيرا. فتفرّغت المنطقة لاحتلال الجيش الإسرائيلي لها في عملية عسكرية أطلق عليها اسم "عملية داني". وقام هذا الجيش بمسح معظم معالمها مباشرة منعًا لعودة سكانها اصحاب الارض الاصليين. وانتشر عدد من عائلات القرية في مدن الضفة الغربية كالخليل ومنهم من انتقل إلى عمان طلبا للعمل والرزق.

دُمّرت القرية بالكامل وأُزيلت معظم بيوتها إلاّ القليل منها استخدم مخازن للمستعمرة التي أقامتها حكومة إسرائيل بالاسم ذاته في العام 1950.