يعود تاريخ الاستيطان في الملاحة (أو عين ملاحة) إلى العصر الميزوليتي حوالي 10,000 قبل الميلاد، تصف كاثلين كينيون، أول مستوطنة قروية دائمة في فلسطين، بقايا المواد التي تم العثور عليها هناك باسم نطوفيان، والتي تتكون من 50 كوخاً دائرياً شبه أرضي مؤلف من غرفة واحدة، مرصوفة بألواح مسطحة ومحاطة بجدران حجرية يصل ارتفاعها إلى 1,2م، زُيِنَتْ أرضيات وجدران المنازل باللون الأبيض أو الأحمر الصلب، وهو عنصر زخرفي بسيط وشائع في الشرق الأدنى في ذلك الوقت، يبدو أن السكان كانوا يعيشون على الأسماك من بحيرة الحولة القريبة، وكذلك على الصيد وجمع الثمار، لم يتم العثور على أي دليل على تدجين الحيوانات أو زراعتها، باستثناء الكلاب: يمثل دفن الإنسان مع كلب أليف في الموقع أقدم دليل أثري معروف على تدجين الكلاب. 

الفترة الصليبية

خلال الفترة الصليبية، أشار الفرنجة إلى الملاحة باسم"Merla" ابن القلانسي يصف المعركة التي وقعت في ملاحة في يونيو 1157 بين العرب و الأتراك قوى نور الدين زنكي وتلك من الصليبيين تحت الملك بلدوين الثالث،  كتب قلنيسي أن نور الدين أرسل قواته إلى الملاحة فور علمه عبر موقع الحمام أن الفرنجة أقاموا معسكراً هناك.

كانت المعركة، كما وصفها قلنيسي، دموية وسريعة، مما أدى إلى نصر حاسم للقوات الإسلامية، التي ورد أنها فقدت رجلين فقط، مع هروب الملك بصعوبة مع حارس شخصي، استمرت معارك السيطرة على الملاحة. يشير إلى أن الجيش قد تقدم إلى ميرلا "حيث قضى الملك إحدى الليالي السابقة.

الفترة المملوكية

فقط جنوب شرق الملاحة، كشفت الحفريات عن مبانٍ تعود على الأرجح إلى القرن الثالث عشر أو الرابع عشر، أي بعد سقوط المنطقة في يد السلطان المملوكي بيبرس . يُفترض أن الهياكل تنتمي إلى منشأة لإنتاج السكر. 

الفترة العثمانية

تم دمج الملاحة، مثل معظم فلسطين، في الإمبراطورية العثمانية في أوائل القرن السادس عشر، مرَّ الرحالة الصوفي البكري الصديقي بالقرية في منتصف القرن الثامن عشر.  

سافر يوهان لودفيج بوركهارت في المنطقة خلال بداية القرن التاسع عشر، ولكن وفقًا لإدوارد روبنسون، الذي سافر إلى هناك في عام 1838، وصف بوركهاردت ساحل جنوب غرب البحيرة بالكامل باسم الملاحة. لاحظ روبنسون أن  تقع شمال غرب بحيرة الحولة، وكانت "نافورة واحدة كبيرة"، وبالقرب من ذلك كان يوجد "عادة معسكر كبير في خيام وأكواخ من القصب".

في عام 1881، ووصفت Mellahah بأنه "الربيع الدائم كبير جداً، وهناك عين مياه متدفقة في تيار طويل من قاعدة الجبل، في وقت واحد المنعطفات طاحونة، وأشكال تقريباً نهر صغير". 

الانتداب البريطاني

خلال فترة الانتداب البريطاني، كان للملاحة شكل مستطيل تقريباً يمتد من الشمال إلى الجنوب. عاش السكان في الغالب من الزراعة، في التعداد السكاني لفلسطين عام 1922، كان عدد سكان الملاحة 440 نسمة، جميعهم مسلمون، زاد عدد سكانها في تعداد عام 1931 إلى 654 نسمة، وكانوا يقيمون في 161 منزلاً.